Kedegilan Botha untuk berkompromi telah mengakibatkan Parti Kebangsaan berpecah kepada beberapa kumpulan. Pada 1989, bantahan di dalam kabinet dan partinya serta serangan angin ahmar telah memaksa beliau meletak jawatan, dan beliau digantikan oleh Frederik W. de Klerk. Akibat serangan angin ahmar tersebut, beliau telah menjadi lumpuh dibahagian kiri badannya. Lima tahun kemudian, de Klerk menghapuskan sistem aparteid dan mengadakan pilihan raya bebas yang pertama di Afrika Selatan yang dimenangi oleh parti Kongres Kebangsaan Afrika di bawah pimpinan Nelson Mandela.